Der Ort Hajdina wurde schon in allten historischen Zeiten besiedelt. Verschiedene Werkzeuge aus der Steinzeit sind die ersten Funde an diesem Gebiet, die ersten Siedlungen stammen aus der Kupferzeit. Der Ort wurde auch in der Bronzezeit besiedelt, als die Grabstätte und die Urnenfelderkultur entstanden. Diese Siedlungen mit Grabstätten und Hugelgrabstätten sind aus der Eisenzeit, Hallstattzeit, von 8. bis 6. Jahrhundert vor unserer Zeitrechnung. Eine Siedlung mit Grabstätte wurde auch in der jüngeren Eisenzeit gefunden. Um Jahr 15 kamen an dieses Gebiet die Römer und bei der Bernsteinstrasse ein Militärlager erbaut haben. Der römische Historiker Tazit erwähnte in seinen schriftlichen Quellen das Militärlager der Legion 8. Augustus. In diesem Zusammenhang erwähnte er auch die Wahl des Kaisers Vespasian im Jahr 69. Zu diesem Militärlager fuhr auch die Wasserleitung der 13. doppelten Legion.

Im geschäftlichen und Tempel Viertel der römischen Petoviona, vicus Fortunae, standen der illyrische Zoll und die Tempel, unter denen auch das I. und II. Mithräum und ein Tempel Nutrice. In der frühchristlichen Kirche war der Bischof Viktorin Ptujski aus Petovia tätig (Ende des 3. Jahrhunderts).

Die römischen Grabstätten lagen an der Strasse nach Pragersko entlang. Aus frühchristlicher Zeit sind die mittelalterlichen Grabstätten, die noch im 10. Jahrhundert benutz wurden.

Hajdina wurde zum ersten Mal in den historischen Urkunden im Jahr 1164 erwähnt. Im Jahr 1202 wurde sie schon geteilt in die Salzburger Spodnja Hajdina (Oberhaiden) und Landesfürstliches Spodnja Hajdina (Unterhaiden) mit der Kirche und dem Hof. Der Hof wurde auch im 16. und 17.

Jahrhundert erwähnt, aber bis heute ist es keine Spur von ihm geblieben. Am Anfang des 19. Jahrhunderts war Hajdina ein Platz mit 86 Häusern und 399 Einwohnern, am Ende des 19. Jahrhunderts waren hier schon 123 Häuser und 635 Einwohner, zwei Viehmärkte (am 1. Mai und 30.

August). Die Leute haben von der Landwirtschaft, Viehhaltung und Imkerei gelebt. Nach dem Jahr 1850, als die Gemeinde gegründet wurde, hatte Hajdina ihren Sitz in Zgornja Hajdina.

Bis zum Jahre 1952 war Hajdina eine selbständige Gemeinde, nachdem bis zum 1999 ein Teil der Gemeinde Ptuj. In der selbständigen Republik Slowenien vom 1999, ist das schon wieder eine selbständige Gemeinde. Es besteht aus sieben Ortschaften, die rural urbanisiert sind. Viele Vereine sorgen dafür, das die Leute Umgang miteinander haben und dass sie die Natur- und Kulturerbe von diesem Teil Sloweniens präsentieren.