Il territorio dell'odierno comune di Hajdina è stato abitato in tutti i periodi archeologici.

Gli strumenti in selce dall'età della pietra (Neolitico) sono il reperto più antichi, le prime abitazioni sono dall'età del rame. L'insediamento continuò nell'età del bronzo, dalla quale ci sono le tombe appartenenti alla cultura dei campi di urne. Le abitazioni con le tombe e tumuli sono già dall'età del ferro, il periodo di Hatelstadt (dall’VIII al VI sec. a.C.). Si conosce anche una colonia con la necropoli dello stesso periodo. Intorno all'anno 15 d.C. arrivarono in questo territorio i Romani che costruirono lungo la via d'ambra l'accampamento militare della legione Augusta VIII. L'accampamento fu menzionato per la prima volta dallo storico romano Tacito riguardo all’elezione di Vespasiano per l'imperatore nell'anno 69 d.C. Fino all'accampamento fu portato anche l'acquedotto della legione Gemina XIII. Nella parte cittadina della Petoviona romana, nel quartiere commerciale vicus Fortunae, ci furono la dogana illirica e i santuari, tra i quali il I e il II mitreo e il santuario Nutrice. Nella chiesa paleocristiana era attivo il vescovo Viktorin di Ptuj (alla fine del 3° secolo). La necropoli romana era lungo la via attuale verso Pragersko.

Dal primo medioevo c'è la necropoli, dove sepelivano i morti ancora nel X secolo.

Hajdina è menzionata per la prima volta nei documenti medievali nell'anno 1164. Nell'anno 1202 è già divisa in quella Di sotto - Spodnja (proprietà di Salisburgo) e quella Di sopra – Zgornja (proprietà del principato provinciale) con la corte e la chiesa. L'ufficio dei signori con la corte è menzionato anche nel XVI e XVII secolo ma oggi non c'è ne più nessuna traccia. All'inizio del XIX secolo il borgo di Hajdina consisteva di 86 case con 399 abitanti, ma alla fine del XIX secolo aveva già 123 case con 635 abitanti e due mercati del bestiame che si svolgevano il 1° maggio e il 30 agosto. Gli abitanti erano agricoltori, allevatori del bestiame e apicoltori.

Dopo l'anno 1850, quando sono stati fondati i comuni, il comune di Hajdina aveva la sede a Zgornja Hajdina. Fino all'anno 1952 era un comune autonomo, da allora fino all'anno 1999 faceva parte del comune di Ptuj per diventare di nuovo un comune autonomo nel 1999. Il comune è composto da sette abitati tutti ruralmente urbanizzati. Prevalgono i nuclei familiari non contadini e misti. Economicamente rientra nei comuni mediamente sviluppati. Numerosi circoli hanno cura della vita sociale dei cittadini e nello stesso tempo mantengono e rappresentano il patrimonio naturale e culturale di quest'area.